1281/1864 yılında Safranbolu'da doğdu.Babası, Bayezid Dersiâmlarından, Huzûr Dersleri Mukarrirlerinden ve Nakşî Gümüşhaneli Ahmet Ziyaüddin Efendi’nin halifelerinden olan Safranbolu’ lu İsmail Necati Efendi’ nin oğludur. Gençliğinde İstanbul’ a gelerek yerleşmiş, hıfzını ikmâl ettikten sonra babasının derslerine devam ederek (1310/1894)’ te icazetname almıştır. Bilahare ruûs imtihanını kazanarak 1902’ de Bayezid Camii’ nde ders okutmaya başlamıştır. Kendisine 1914’ de Süleymaniye Medresesi’ nde Usûl-i Fıkıh Müderrisliği ve 1915’ de de Huzûr Dersleri Muhatablığı verilmiş ve Muhatablık vazifesi 1337/1921’ e kadar devam etmiştir.
O tarihlerde yeniden ihdas edilen “Daru’l Hilafeti’l-Aliyye Medresesi” nin tâli kısmı umum müdürlüğüne tayin edilmiştir. “Medresetü’l-Vaizin” ve Medresetü’l-Mütehassısîn” derslerinden başka, Vefa ve Mercan İdadilerinde Akaid, Arapça; İstanbul ve Galatasaray Sultanilerinde “Ulûm-i Diniye”dersleri okutmuştur. Daru’l Fünûn İlahiyat ve Hukuk Fakülteleri ile  Mekteb-i Mülkiye’de Fıkıh ve Mecelle Müderrisliklerinde bulunmuştur.
Bilahare Meşihat-i İslamiye Ders Vekaleti Azalığı’ na tayin olunan Ülgener’e aynı tarihlerde Daru’l Hilafeti’l-Aliyye Medresesi Umum Müfettişliği de verilmiştir. 02.02.1924 tarihinde yapılan seçimle İstanbul Müftülüğü’ ne tayin edilmiş ve vefat tarihi olan 20.04.1943’ e kadar burada hizmet vermiştir. Fazıl ve vakur bir şahsiyete M. Fehmi ÜLGENER’ in Mülkiye’ de okuttuğu derslerinin bir kısmı “Hikmet-i Hukuk-i İslamiye” adı ile neşredilmiştir.

İktisatçı Prof. Dr. Sabri ÜLGENER merhumun oğludur. 20.04.1943’ te vefat eden M. Fehmi ÜLGENER, Edirnekapı Şehitliği’nde medfundur.